Sejarah pembentukan Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan (ITK) dimulai dengan pendirian awal Program Studi (PS) Ilmu Kelautan pada tahun akademik 1986/1987. Hal ini sebagai respon dari Surat Edaran Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No.1023/D/Q/1985 tentang rintisan pembentukan program studi baru ilmu kelautan (new S1 marine science). Kemudian PS Ilmu Kelautan IPB dikukuhkan secara resmi dengan SK Dirjen Dikti No.22/DIKTI/Kep/1988 dengan pokok pengembangan pendidikan dan penelitian di bidang eksplorasi sumberdaya hayati laut.  Melalui Proyek Pendidikan Ilmu Kelautan Dirjen Dikti (ADB loan No.894-INO/895-INO(SF), sarana dan prasarana utama untuk kegiatan akademik dan penelitian telah dibangun, yaitu Gedung Pusat Kelautan di Kampus IPB Darmaga Bogor serta Stasiun Lapang Kelautan di Pelabuhan Ratu Sukabumi Jawa Barat.

Berdasarkan SK Rektor No.073/K13.12.1/OT/2000 tanggal 27 Mei 2000 status Program Studi Ilmu Kelautan IPB ditingkatkan menjadi Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan dengan mandat mengembangkan keilmuan dan teknologi kelautan untuk memahami karakter, fenomena dan proses fisika, kimia, biologi dan geologi kelautan dengan memanfaatkan metode dan teknologi penginderaan jauh dan akustik kelautan untuk mengeksplorasi sumberdaya hayati dan lingkungan laut.  Saat ini (tahun 2017) Departemen ITK mengampu lima (5) program studi multi-strata, meliputi: Program Studi Ilmu dan Teknologi kelautan (S1), Program Studi Ilmu kelautan (S2 dan S3), serta Program Studi tekonologi kelautan (S2 dan S3).  Seluruh Program Studi tersebut sudah terakreditasi A dari BANPT.  Secara khusus, untuk PS ITK (S1) mendapat akreditasi internasional dari Institute of Marine Engineering, Science & Technology (IMarEST) the United Kingdom sejak tahun 2012.

Pelaksanaan kegiatan akademik, penelitian dan pengabdian pada masyarakat di Departemen ITK ditopang oleh tenaga dosen dan tenaga kependidikan yang handal dan profesional. Jumlah Dosen tetap di Departemen ITK berjumlah 29 orang dan 2 profesor emeritus, dengan komposisi 16 orang dosen bergelar doktor, 6 orang profesor, dan 7 orang bergelar magister.  Jumlah tenaga kependidikan dan teknisi laboratorium yang handal berjumlah 20 orang.  Selain dosen tetap, dalam rangka pengembangan jejaring pendidikan dan kerjasama penelitian dengan mitra utama dan pengabdian pada masyarakat, departemen ITK mendapat kunjungan dosen tamu yang berasal dari mitra utama dalam dan luar negeri, seperti dari para peneliti/dosen dari Pusat Penelitian Oseanografi LIPI, BPPT Jakarta, Balitbang Kelautan dan perikanan, Balitbang Energi dan Sumberdaya Mineral, UPMC Paris France, University of Yamaguchi Japan, Tokyo University of Marine Science and technology (TUMSAT) Japan, Bremen University Germany, University Wellington New Zealand, University of Rhode Island, University of Western Australia, University of New South Wales Australia, University of Toulouse III France, University of California Irving US.

Sampai tahun 2017, lebih dari 850 mahasiswa dari program studi multi-strata telah diluluskan di Departemen ITK dengan beragam topik penelitian, mencakup kompetensi utama bidang ilmu kelautan dan teknologi kelautan. Para alumni telah mendapat kesempatan bekerja di berbagai bidang, seperti menjadi peneliti dan profesional di Kementerian Kelautan dan Perikanan, Kementerian Koordinator Kemaritiman, Lembaga Penerbangan dan antariksa Nasional (LAPAN), Pusat Penelitian Oseanografi (P2O-LIPI), Badan Penngembangan dan Penerapan Teknologi (BPPT), Badan Informasi Geospasial (BIG), Pusat Hidrografi dan Oseanografi (PUSHIDROSAL) TNI-AL, para peneliti dan penggiat lingkungan (WWF, TNC, CI), para dosen di perguruan tinggi negeri dan swasta, wirausahawan, serta para profesional di bank dan konsultan lingkungan.