Kegiatan akademik, riset dan pengabdian masyarakat di Departemen ITK dilaksanakan dalam struktur koordinasi di bawah kendali Ketua dan dibantu oleh Sekretaris Departemen.  Departemen didukung oleh empat (4) Bagian (Divisi), yakni Bagian Hidrobiologi Laut, Bagian Oseanografi, Bagian Penginderaan Jauh dan Sistem Informasi Geospasial, dan Bagian Akustik-Instrumentasi-Robotika Kelautan. Dalam melaksanaan kegiatan Tridharma (Akademik, Riset dan Pengabdian pada Masyarakat), kegiatan kemahasiswaan, serta pengelolaan peralatan dan fasilitas dibantu oleh beberapa koordinator (Komisi).